A pécsi egészségügyi ellátás történelmi gyökerekkel rendelkezik. A Pécsi Szent Bertalan Ispotály első említése 1181-ből származik melyet feljegyzések szerint a középkori egyetem 1367-es alapításával átneveztek Szent Erzsébet kórházzá. Az elődintézményt Jakováli Hasszán pasa építtette. Pontos dátumot nem tudni, de 1630 körül rakhatták le az első téglákat. Az első közkórházat Nesselrode Vilmos Ferenc pécsi püspök 1714-ben a mai a Rákóczi, Garay és Szendrei Júlia utcák által körülvett területen, a dzsámi mellett észak felé, az egykori dervis-kolostor romjain egy 50 fő elhelyezésére alkalmas „pestis kórházat” alapított. 1891-1895 között Dr. Erreth Lajos kórházigazgató vezetésével az akkori követelményeken túlmutató, pavilonos rendszerű kórházat alakítottak ki.

1923-ban az Erzsébet Tudományegyetem Pécsre költözésével megindult az orvosképzés és a klinikai betegellátás is, felhasználva a városi egészségügyi intézmények által nyújtott infrastrukturális lehetőségeket. A városi közkórház épületébe a bel- és szemklinika, a Dischka Győző utcában lévő városi felsőkereskedelmi iskolába a sebészeti klinika, a Rét utcai városi elmegyógyintézetbe az elme- és idegklinika pedig került. A bábaképző épületébe helyezték, és máig ott található – akkori nevén – a szülő- és nőbeteg klinika. A bőr- és nemibeteg-klinikát a volt csapatkórház épületében, a gyermekklinikát a Julián Egyesületében helyezték el. Utóbbiak szintén máig ott találhatók. Az épületekért cserében a klinikák elláttak közkórházi funkciókat is a város számára. Ezen klinikák átlagosan 120 ággyal rendelkeztek, és a járóbetegek száma is magas volt, 1927-ben például a gyermekklinikán 3500, a szemészeten 2970, a sebészeten 3873 beteget fogadtak. A sebészeti klinika keretein belül működtek a későbbiekben önálló klinikává váló urológiai, traumatológiai, ortopédiai és fül-orr-gégészeti szakterületek, sőt az első magyar véradó központ is. A műtétek száma meghaladta az évi ezret.

A város több pontján létrehozott klinikai egységek máig is jelentős szerepet töltenek be a város és a térség egészségügyi ellátórendszerében. A legnagyobb fejlesztés a napjainkban is meghatározó feladatot ellátó ikonikus épület, az akkor 5 egységet magában foglaló (belgyógyászat, ortopédia, radiológia, sebészet, szemészet) 400 ágyas klinika 1966-os átadása volt, mellyel az egyetem kilenc klinikája és 16 elméleti intézete a város több mint 10 pontján működött. Az elmúlt években lehetőség nyílt a betegellátásban nélkülözhetetlen szerepet játszó intézmények épületeinek felújítására és korszerűsítésére úgy, mint a Janus Pannonius Klinikai Tömb nevet kapó 400 ágyas, és a Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika. Zöldmezős beruházásként megépülhetett az Onkoterápiás Intézet, a Rehabilitációs Központ, a Gyermek SBO és a Gyermek Pszichiátria, valamint a Fogászati és Szájsebészeti Klinika is. A korszerűsítő beruházások mellett az egészségügyi ellátás is folyamatos megújulásával világszínvonalú technológiák és eljárások is a mindennapi betegellátás részét képezik többek között a DaVinci robotsebészet, a Lutatera terápia, a genetikai vizsgálatok, és számos labordiagnosztika eljárás is.

Az egyetem szenátusában önálló képviselettel rendelkező jogállású Klinikai Központ 2007-ben jött létre. A helyi párhuzamosságok megszüntetése és a költséghatékonyság mint cél vezetett a Megyei Kórház 2010-es integrációjához, a betegellátás, az eszközök és az ott dolgozók átvételéhez a Klinikai Központba. Egy többlépcsős kórházi integrációs folyamat eredményeképpen alakult ki a mai Klinikai Központ felépítése, ami 2021. december 1-től szakmai irányítási feladatokat is kapott a megye városi kórházai és az önkormányzati fenntartású járóbeteg intézményei felett.

A 2023-2024-ben zajlott integrációs folyamat következményeként a vármegyében lévő városi kórházak, úgy mint a Harkányi, a Komlói, a Mohácsi, a Siklósi és a Szigetvári Kórházak immár a Pécsi Tudományegyetem Klinikai Központ részeként folytatják működésüket, ezzel lehetőséget adva a vármegyei egészségügyi ellátás racionalizálására.